一封写有：“在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的命运的宝石。”的预告信赫然出现在知名舞台剧女演员牧树里眼前，而这封预告信正是出自怪盗基德之手。
慌张无措的牧树里邀请来了毛利小五郎出席最后一场演出的会场，同行的还有柯南、小兰，以及众多警察的守候。
究竟怪盗基德会以何种方式。何种面目出场？柯南仔细观察着剧场之中所有可能的嫌疑人。突然，一个工藤新一模样的人突然出现在了众人面前，这令柯南惊讶不已。一方面，他不能拆穿假的工藤新一其实就是怪盗基德，因为这无疑等同于在告诉众人他身体变小的事实。一方面，他时刻不忘紧盯着假工藤新一，即怪盗基德的动向。
但在众人关于不同方向的紧张注视后，命运的宝石并没有被盗，反而还安然无恙的佩戴在牧树里手上。随后，柯南再次仔细阅读了那封预告信，发现其包含的字母竟与某航班息息相关。
当柯南、小兰、牧树里、毛利小五郎及一帮同事搭乘一班飞往北海道的飞机之时。一起精心设计的杀人案件也正在悄然酝酿中……而柯南、小兰也将在此次事件中陷入一场空前危机……
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