宝玉于贼窝卧底三年有余，在终于完成任务就要荣归日思夜想的警队时，却又因为神秘人阿ying的一通电话而不得不在暴露身份的情况下继续潜伏，而此时宝玉的上线也由原来的局长“芳芳”变为了副局长连忠。副局长连忠过去也曾做过卧底，而就在他完成任务要回归警队时，黑帮对他进行了极为残酷的报复：妻儿被杀，家破人亡。
在身份已然暴露的情况下，宝玉的潜伏工作将面临着巨大的危险与挑战。身为其上线的连忠本该对其全力保护，却总在关键时刻偷偷联系着某些人，做一些出人意料的举动。他的动机呢？没有人知道。与他联系的究竟是哪些人？也没有人知道。连忠的行为可以说是非常之可疑！
在处境愈发艰难的情况下，宝玉仍然要设法完成自己的任务。为了找寻金飞背后的神秘人阿ying，宝玉设局取得九爷信任，试图借接近九爷之机寻得神秘人物的蛛丝马迹。但是，与九爷相处下来，宝玉发现九爷行为毫无破绽，根本无从下手，而露出有些端倪的反而是九爷的妻子林莺。林莺，这个女人因为九爷的纵容而变得极为任性、极为嚣张、极为跋扈。在金钱和权利的诱惑下，更是变得更加狠毒和贪婪。她更是觊觎着九爷的财产……但是，在连忠看来，越是没问题却更有问题。九爷表面上的简单反而更加凸显出他背后的复杂。面对连忠的讨好，九爷的刻意冷淡反而显得欲盖弥彰，令连忠相信九爷背后一定藏着一个不为人知的巨大阴谋。
其实，找出神秘人还有另外一个途径。那便是让金飞恢复记忆。于是，宝玉请表面为心理学家，其实为国际刑警的关晓智对金飞进行唤醒治疗。关晓智在对金飞的治疗过程中，在与宝玉的接触过程中，慢慢地知晓了事情的真相，也逐渐对宝玉产生了一种微妙的特别的情愫。但是，九爷之女糖果的出现却令三人之间的关系变得扑朔迷离，变得暧昧不清……
秦越和高达都是离开警队的前卧底，一个因叛徒告密终止任务，一个因救无辜少女而暴露身份，不得已相继离开警队，为了查明真相回归警队，两人也以各自不同的方式与这次卧底行动产生着联系。而刑警郗一沿不顾连忠的阻拦，对案件穷追不舍，他的恪尽职守为连忠的计划带来了更多的变数，这些人的出现，带来的究竟是帮助还是危机......
秦越和高达都是离开警队的前卧底。他们都曾执行过卧底工作，却在过程中一个因叛徒告密而终止任务，一个因救无辜少女而暴露身份，最终都不得已相继离开了警队。为了查明真相回归警队，这些人也开始了各自的秘密行动……方式虽不同， 但目的却与宝玉的卧底行动有着千丝万缕的联系。最终，这些人会如何碰撞到一起？是敌是友？更多精彩内容尽在《卧底归来》，详情请继续关注漫漫看影视剧！